imkanlar

Haberler ve Duyurular

10
Ara 2015
Kırpma Eşikleri: İşaret ve Gürültüyü Ayırmada Yeni Bir Yöntem

"Kırpma Eşikleri: İşaret ve Gürültüyü Ayırmada Yeni Bir Yöntem ve Biyomedikal İşaret İşlemede Uygulaması" başlıklı seminer Yrd. Doç. Dr. Murat Okatan tarafından 20 Kasım 2015 Cuma günü saat 10:30'da Bilişim Enstitüsü, 407 no'lu salonda (4. Kat) yapılacaktır.

 

Sunum Özeti

Bu çalışmada sürekli değerli bir zaman dizisini işaret ve gürültü olarak iki kısma ayıran bir çift eşik hesaplanması problemine kırpılmış olasılık dağılımları kullanılarak bir çözüm önerilmektedir. Eşikler bir kırpılmış olasılık yoğunluk modelinin veriye uyduğu geniş bir aralığın sınırları olarak hesaplanmaktadır. Veriye en yüksek olabilirlikle uydurulan modelin uygunluğu Kolmogorov-Smirnov sınaması ile belirlenmektedir. "Kırpma eşikleri" adı verilen eşiklerin uygulaması beyinden toplanan hücre dışı elektriksel etkinlik kayıtlarında aksiyon potansiyellerinin belirlenmesi probleminde gösterilmektedir. Kırpma eşikleri, kayıttaki gürültünün istatistiksel özelliklerinin rakip yöntemlere kıyasla daha doğru kestirilmesine olanak sağlamaktadır. Araştırıcıdan tamamen bağımsız olarak hesaplanan kırpma eşikleri, ele alınan problem için standart bir çözüm olarak önerilmektedir. Bu çalışma, Cumhuriyet Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri (CÜBAP) tarafından TEKNO−002 proje numarası ile desteklenmiştir.

Kısa Biyografi

Dr. Murat Okatan Boğaziçi Üniversitesi Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümü Fizik Çift Anadal Programından 1995 yılında mezun oldu. Yüksek Lisansını Syracuse Üniversitesi Sinir Bilimi Yüksek Lisans Programında 1997 yılında, doktorasını ise Boston Üniversitesi Bilişsel ve Sinirsel Sistemler Bölümünde 2002 yılında tamamladı. Massachusetts General Hospital ve Boston Üniversitesi’nde yaptığı doktora sonrası araştırmalarda sinir hücrelerinin ateşledikleri aksiyon potansiyeli dizilerinin noktasal süreç olabilirlik modelleri ile açıklanması ve sıçan hipokampında pekiştirmeli öğrenme sırasında görülen etkinlik örüntülerinin ödülün bir işlevi olarak açıklanması konularında hesaplamalı ve deneysel çalışmalar yaptı. Tübitak’ın 2232 Geri Dönüş Bursu ile 2011 yılında yurda döndü. İki yıl süreyle Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik Ana Bilim Dalı’nda hesaplamalı sinir bilimi kapsamında araştırmalar yaptı. 2013 yılında Cumhuriyet Üniversitesi Teknoloji Fakültesi’nde Yardımcı Doçent olarak göreve başladı. Halen aynı üniversitede Biyomedikal Mühendisliği Bölümü öğretim üyesidir.

Kırpma Eşiklerine ilişkin yazılıma http://teknoloji.cumhuriyet.edu.tr/index.php/bmmyazilim/ke adresinden erişilebilir.

 



10
Ara 2015
UNDERSTANDING G-PROTEIN-COUPLED-RECEPTOR (GPCR)

"UNDERSTANDING G-PROTEIN-COUPLED-RECEPTOR (GPCR) SIGNALING FROM ATOMISTIC MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS" başlıklı seminer Dr. Özge Şensoy tarafından 9 Şubat Pazartesi günü saat 14:00'da İTÜ UHEM toplantı salonunda yapılacaktır.

Sunum Özeti

The Nobel Prize award to Lefkowitz and Kobilka underscores the extraordinary progress achieved in understanding some of the most important molecular machines in cell function and signaling: G-protein-coupled-receptors (GPCRs), which are responsible for transmitting extracellular signals to the inside of the cell by coupling to heterotrimeric G-proteins. Elements of the complex signaling interaction network have become clearer from accumulating structural information at the molecular level. Based on such information, detailed attention was accorded to the function-related conformational changes in the TM bundle of GPCRs, but less so to the amphipathic helical motif, Helix-8 (Hx8), which is located immediately after the end of the seventh transmembrane domain. Yet the conservation of such a structure in nearly all GPCRs and its involvement in various cellular processes such as G-protein coupling, receptor expression, and internalization suggests a specific role for this domain in GPCR signaling. 
Furthermore, the discovery of G-protein-independent signaling, notably those mediated by Arrestins (Arrs) has changed the classical view of GPCR signaling where Arrs were previously thought to mediate exclusively desensitization and, in some cases, internalization processes. A key set of questions raised by the availability of multiple signaling pathways then is how the relative efficacy of engaging a certain signaling effector (G-protein or Arr) depends on the ligand that activates the receptor. This ligand-dependent-selectivity for coupling to a specific signaling pathway is known as “functional selectivity”, and is mediated by biased ligands. While rapid progress is being made in this field, we are still far from understanding of molecular mechanisms responsible for specific engagement of GPCRs with a certain signaling effector.
In this talk, I will recapitulate strategies –along with corresponding results- used to address the abovementioned open questions in the field. Correspondingly, in the first part of the talk, I will present recent results concerning the mechanistic role of Hx-8 in interactions of GPCRs with PDZ-domain containing proteins. In the second part, I will discuss the likelihood structural basis for intriguing functional selectivity displayed by the Arr family towards the phosphorylation state of the receptor with more emphasis on its relevance to functional complementation approaches. Finally, I will briefly discuss the concept of “biased signaling” in the context of targeted drug design strategies.

Kısa Biyografi

I received my B.S degree from Istanbul Technical University in Molecular Biology and Genetics with a double major in Chemistry. Upon graduation, I continued my M.Sc and PhD studies at Koc University in the department of Computational Sciences and Engineering. In particular, I worked with peptide-based nanomaterials that found applications in various areas such as drug design, tissue engineering, etc. Currently, I work as a post-doctoral associate at Weinstein’s Laboratory at Weill Cornell Medical College. I have been involved in various projects centered on investigation of the mechanism underlying the cell signaling phenomenon.



10
Ara 2015
Large Scale Optimization for Machine Learning

"Large Scale Optimization for Machine Learning" başlıklı seminer Dr. Figen Öztoprak tarafından 4 Nisan Cuma günü saat 14:00'da İTÜ Bilişim Enstitüsü, 4. Kat, 411 nolu derslikte yapılacaktır.

Sunum Özeti

In this talk, we focus on a group of mathematical programming problems encountered in machine learning applications such as speech recognition,image processing, and text classification. These problems are typically large scale and nonlinear; however, they generally have special mathematical structures. We discuss how problem structure can be exploited, and tools from large scale optimization can be adapted to design efficient algorithms to solve these problems. Then, we switch our emphasis to the use of computational resources, and discuss strategies for the development of parallel algorithms.

Kısa Biyografi

Figen Oztoprak is a postdoctoral researcher at Sabanci University Industrial Engineering Department. Her research interests are in nonlinear programming and its applications; more specifically, in the development of sequential and parallel algorithms for large-scale continuous optimization problems. She received her Ph.D. from Sabanci University in 2011, and was a research fellow at Northwestern University between 2010-2012. She has participated in research projects supported by TUBITAK and NSF, and received a TUBITAK Career grant in 2013.



02
Ara 2015
Çok değişkenliliği yükseltilmiş Çarpımlar Özyineli Dizey Gösterilimi

"Çok değişkenliliği yükseltilmiş Çarpımlar Özyineli Dizey Gösterilimi" başlıklı seminer Prof. Dr. Metin Demiralp tarafından 28 Mart Cuma günü saat 14:00'da İTÜ Bilişim Enstitüsü, 4. Kat, 411 nolu derslikte yapılacaktır.

Sunum Özeti

Çok değişkenliliği Yükseltilmiş Çarpımlar Gösterilimi (ÇYÇG, ingilizce adıyla Enhanced Multivariance Products Representation, EMPR) çok değişkenli işlevler için, bütünüyle, Metin Demiralp'çe yönetilmekte ve yönlendirilmekte olan Bilişim Enstitüsü Bilgisayım Bilimi ve Yöntemleri Topluluğu (BEBBYT) araştırımlarında geliştirilmiş olan özgün bir yöntemdir. Yine BEBBYT'nda da üzerine önemli katkılar getirilmiş olan Yüksek Boyutlu Biçe Gösterilim (YBBG, ingilizce adıyla High Dimensional Model Representation, HDMR) üzerine kurulmuştur. Yöntem, artan çok değişkenlilikli bilinmeyenleri toplamcıl biçimde gündeme getirir ve eşsiz bir biçimde belirlenimlerine olanak sağlar. Belirli koşulların sağlanımı durumunda da kesimcil yaklaştırımlara olanak verir. Ancak, bu yöntemin dizeylere (matrislere) uygulanımı olanaklı olsa da, terim sayısı çok az (4) olur ve kesimcil yaklaştırımlardan istenilen düzeyde verim alınamaz. ÇYÇG destek işlevleri kullanır. Bunlara ÇYÇG üzerinden genişletimler oluşturulup bir dikgen taban takımı oluşturulacak olursa, söz edilen 4 terim yerine dizey sırasayıları ile ilgili çok daha büyük sayıda toplamcıl terim yazılabilir. Bu, çok yeni olarak gösterilmiş bir olgudur. Aslında, bu yoldan, bir üçköşegenli yapıya da ulaşılabilmektedir ve yapılandırımın bilgisayım karmaşıklığı oldukça düşüktür. Anlatımda, bu yeni yaklaşım ana çizgileriyle verilmeye çalışılacaktır.

Kısa Biyografi

Prof. Dr. Metin Demiralp İTÜ tabanlı olmakla birlikte uzun yıllar Princeton Üniversitesi'yle araştırım işbirliğinde bulunmuştur. Onunla ilgili, özgeçmiş, yaşam öyküsü, yapıtlar gibi bilgiler alabilmek için uzbilim.be.itu.edu.tr/demiralp/anasayfa erişimyolundan türkçe sanaldoku yöresine (ing:web site) uzbilim.be.itu.edu.tr/demiralp/homepage erişimyolundan da ingilizce sanaldoku yöresine ulaşmak ve incelemek olanaklıdır.



02
Ara 2015
Uluslararasi Bilgi Güvenliği Mühendisliği Dergisi

Bu derginin amacı; Türkçe konuşan ve yazan toplumlara Bilgi Güvenliği alanında açık kaynak oluşturmak, bu alanda yapılan bilimsel çalışmaları yayımlamak, güncel teknolojiler, teknikler ve yaklaşımları paylaşmak ve bu alana katkı sağlayanlarını bir araya getirmek ve bu alanın gelişmesine ve sonuçta kişisel, kurumsal ve ulusal bilgi güvenliğinin sağlanması ve artırılmasına katkılar sağlamaktır.

Derginin yazım dili Türkçe’dir.

Dergi, özgün bilimsel araştırmalar ile uygulama çalışmalarına yer vermektedir. Dergide; aşağıda verilen konu başlıklarında, fen ve mühendislik bilimlerinde yapılmış gözlemsel, deneysel ve teorik çalışmaları ve ilerlemeleri konu alan analitik ve nümerik çözümleri içeren inceleme, araştırma ve uygulama makalelerine, sosyal mühendislik ve bilişim hukuku konularında literatür incelemelerine ve yorumlamalara, kapsamlı tez özetlerine ve teknik notlara yer verilir.

Dergi, yılda iki kez sadece elektronik olarak yayımlanır. Derginin tüm işleri gönüllülük esasına dayanmakta olup, açık kaynak yaklaşımını benimsemiştir. “Bilimsel çıktılar ücretsiz paylaşılmalıdır!” yaklaşımıyla yayın hayatını sürdürmektedir. Dergimizde yapılan yayınlara DOI numarası verilmektedir.

Dergiye http://dergipark.ulakbim.gov.tr/bgmd/ adresinden erişebilirsiniz.

Dergiye kayıt yaptıran üyelere yeni makaleler yayımlandığında bilgiler verilmektedir.



02
Ara 2015
Öğretim Üyesi Alımı

Enstitümüzün Bilişim Uygulamaları Anabilim Dalı ve İletişim Sistemleri Anabilim Dallarında istihdam edilmek üzere alınacak öğretim üyesi ilanı 28.09.2015 tarihli Sabah Gazetesi'nde yayınlanmıştır. İlana erişim için tıklayınız.

 



02
Ara 2015
Bilişim Enstitüsü 2015-2016 Güz Yarıyılı Ders Programı

 2015-2016 Güz yarıyılına ait Bilişim Enstitüsü ders programını görmek için tıklayınız.