Programlar

Devamı

Aday Öğrenciler

Devamı

Mevcut Öğrenciler

 

Devamı
BE/II ~ Duyuru/Announcement

Seminar
Computational peptide design for targeting homodimerization of BACH2 BTB domain and in vitro validations

By
Assoc. Prof. Ahmet Can Timuçin, PhD
Title Computational peptide design for targeting homodimerization of BACH2 BTB domain and in vitro validations
Speaker Assoc. Prof. Ahmet Can Timuçin, PhD
Department of Molecular Biology and Genetics
Faculty of Engineering and Natural Sciences
Acıbadem University
Date February 12th, 2026
Thursday
Time 15:00 (GMT+3)
Location ITU Informatics Institute
Room 413
Abstract
This talk will present the computational framework employed to identify a peptide capable of interfering with homodimerization of nuclear repressor BACH2 BTB domain, alongside wet lab validations. Activating master regulator of antioxidant response, the transcription factor NRF2 (Nuclear Factor Erythroid 2–Related Factor 2) through targeting its nuclear suppressor BACH2 represents an unexplored therapeutic strategy. Furthermore, the established role of BACH2 in tumor immunosuppression underscores the necessity of developing modulators against this repressor. To date, no peptide-based inhibitor targeting the BACH2 BTB domain has been reported. Therefore, this study aimed to identify a BACH2 inhibitory peptide using integrated computational and experimental approaches by characterizing its binding affinity and demonstrating its disruptive effect on homodimerization. As a preliminary step, a peptide library targeting the BACH2 BTB homodimerization interface was generated and screened via molecular docking to assess binding capacity at the dimerization surface. Subsequently, selected BACH2 BTB domain-peptide complexes were evaluated for binding stability through 500 ns molecular dynamics simulations, and trajectories were analyzed using MM-PBSA to estimate relative binding free energies. For experimental validation, selected peptides were ranked based on their dissociation constants to full-length BACH2 using supernatant depletion assays, with peptide 13 demonstrating higher affinity. Co-immunoprecipitation studies further revealed functionality of peptide 13 through disruption of BACH2 BTB domain homodimerization. Collectively, these findings established peptide 13 as a putative BACH2 negative regulator. Limitations of these findings and future directions on enhanced sampling-based peptide design towards intrinsically disordered regions will also be discussed.

 

Tarih 03 Şub 2026

İTÜ Bilişim Enstitüsü

bilisim-anasayfa-hakkimizda

İTÜ Bilişim Enstitüsü, Bilişim Uygulamaları, Bilgisayar Bilimleri, Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik ile İletişim Sistemleri Anabilim Dallarında aşağıda yer alan programlarda lisansüstü düzeyde eğitimler veren, bu alanlarda temel ve uygulamalı araştırmalar yapan bir birimdir.

Enstitü öğretim üyeleri ile öğrencileri, elektromanyetik alanlar, haberleşme sistemleri/regülasyonları, hesaplamalı malzeme tasarımı, hesaplamalı kimya/biyoloji, kriptografi, işaret/veri işleme/görselleştirme, büyük veri yönetimi, iklim ve okyanus bilimleri, termodinamik modelleme, haberleşme ağları ve moleküler enformatik alanlarında ulusal ve uluslar arası kuruluşlarca desteklenen araştırmalar yürütmektedir.

Enstitü öğretim üyeleri ve öğrencileri tarafından alınan ödüllerden bazıları:

  • HBM Programı’ndan araştırma görevlileri Hacer Duzman ve E. Cenk Ersan ile Prof. Dr. M. Serdar Çelebi tarafından ortaklaşa hazırlanan “Non-Invasive Complete Hemodynamic Model to Investigate the Effect of Multi-Stenosis in Patient-Specific Coronary Arteries” başlıklı çalışma, ESM’25 kapsamında En İyi Bildiri Ödülü'ne layık görülmüştür. (22-24 Ekim - Belçika)
  • HBM Doktora Programı öğrencilerimiz Hacer Duzman ve Muhammed Enis Şen, "Başarım 2024 8. Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Konferansı"nda düzenlenen "5 Dakikalık Tez Yarışması"nda ödül aldılar. 

Enstitü bünyesinde, Devlet Planlama Teşkilatı desteğiyle kurulan bir Yüksek Başarımlı Hesaplama Laboratuvarı da bulunmaktadır.

Bilişim Enstitüsü- Telefon +90 (212) 285 71 94

Bilişim Enstitüsü- Fax +90 (212) 285 70 73

Bilişim Enstitüsü- Adres İTÜ Ayazağa Kampüsü, Bilişim Enstitüsü Binası 34469, Maslak, İstanbul

İTÜ Bilgi İşlem Daire Başkanlığı ©