Programlar

Devamı

Aday Öğrenciler

Devamı

Mevcut Öğrenciler

 

Devamı
Enstitümüz öğretim üyelerinden Prof. Dr. Behçet Uğur Töreyin'in de yazarları arasında bulunduğu "Automated analysis of phase-contrast optical microscopy time-lapse images: application to wound healing and cell motility assays of breast cancer" başlıklı kitap bölümü, Academic Press tarafından yayınlanan "Diagnostic Biomedical Signal and Image Processing Applications with Deep Learning Methods: A volume in Intelligent Data-Centric Systems" başlıklı kitap içerisinde yayınlanmıştır.

DOI (bölüm) : https://doi.org/10.1016/B978-0-323-96129-5.00013-5
DOI (kitap) : https://doi.org/10.1016/C2021-0-02190-8

Özet:
This chapter describes a workflow for analyzing phase-contrast microscopy (PCM) data from two fundamental types of biomedical assays: assays for cell motility and assays for wound healing. The workflow of the analysis is composed of the methods for acquiring, restoring, segmenting, and quantifying biomedical data. In the literature, there have been separate methods aimed at specific stages of PCM data analysis. Nonetheless, there has never been a complete workflow for all stages of analysis. This work is an innovation that proposes an end-to-end workflow for image pre-processing, deep learning segmentation, tracking, and quantification stages in cell motility and wound healing assay analyses. The findings indicate that domain knowledge can be used to make simple but significant improvements to the results of cutting-edge methods. Furthermore, even for deep learning-based methods, pre-processing is clearly a necessary step in the workflow.
Tarih 16 Mar 2024

İTÜ Bilişim Enstitüsü

bilisim-anasayfa-hakkimizda

İTÜ Bilişim Enstitüsü, Bilişim Uygulamaları, Bilgisayar Bilimleri, Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik ile İletişim Sistemleri Anabilim Dallarında aşağıda yer alan programlarda lisansüstü düzeyde eğitimler veren, bu alanlarda temel ve uygulamalı araştırmalar yapan bir birimdir.

Enstitü öğretim üyeleri ile öğrencileri, elektromanyetik alanlar, haberleşme sistemleri/regülasyonları, hesaplamalı malzeme tasarımı, hesaplamalı kimya/biyoloji, kriptografi, işaret/veri işleme/görselleştirme, büyük veri yönetimi, iklim ve okyanus bilimleri, termodinamik modelleme, haberleşme ağları ve moleküler enformatik alanlarında ulusal ve uluslar arası kuruluşlarca desteklenen araştırmalar yürütmektedir.

Enstitü öğretim üyeleri ve öğrencileri tarafından alınan ödüllerden bazıları:

  • HBM Programı’ndan araştırma görevlileri Hacer Duzman ve E. Cenk Ersan ile Prof. Dr. M. Serdar Çelebi tarafından ortaklaşa hazırlanan “Non-Invasive Complete Hemodynamic Model to Investigate the Effect of Multi-Stenosis in Patient-Specific Coronary Arteries” başlıklı çalışma, ESM’25 kapsamında En İyi Bildiri Ödülü'ne layık görülmüştür. (22-24 Ekim - Belçika)
  • HBM Doktora Programı öğrencilerimiz Hacer Duzman ve Muhammed Enis Şen, "Başarım 2024 8. Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Konferansı"nda düzenlenen "5 Dakikalık Tez Yarışması"nda ödül aldılar. 

Enstitü bünyesinde, Devlet Planlama Teşkilatı desteğiyle kurulan bir Yüksek Başarımlı Hesaplama Laboratuvarı da bulunmaktadır.

Bilişim Enstitüsü- Telefon +90 (212) 285 71 94

Bilişim Enstitüsü- Fax +90 (212) 285 70 73

Bilişim Enstitüsü- Adres İTÜ Ayazağa Kampüsü, Bilişim Enstitüsü Binası 34469, Maslak, İstanbul

İTÜ Bilgi İşlem Daire Başkanlığı ©